Народився в Києві, в сім'ї танцівників балету. Його батьки - Елеонора і Томаш (Фома) Ніжинський, поляки за національністю, танцювали у Варшавському імператорському театрі. Потім батько виступав у різних російських містах. Іноді з ним танцював і Вацлав.
У 1898 р він вступив до Петербурзьке театральне училище в клас С. Легата. Рано виявив видатні здібності і ще дитиною часто виступав на сцені Маріїнки. У 15 років справив фурор своїм виконанням партії Фавна в балеті «Ацис і Галатея».
Після закінчення в 1907 р училища був прийнятий в трупу Маріїнського театру і відразу висунувся на положення першого танцівника, незважаючи на свою не зовсім балетну зовнішність - невелике зростання, аж ніяк не стрункі ноги з надмірно розвиненою мускулатурою. Але на сцені Ніжинський перевтілювався - з'являлася спритність, витончена грація, вчинене розуміння стилю. Глядачів вражали його став легендарним стрибок і здатність зависати в повітрі.
Вацлав Ніжинський став партнером М. Кшесинской, О. Преображенської, Т. Карсавіної, А. Павлової. Танцював головні ролі в постановках М. Фокіна балетів «Павільйон Арміда» (Білий раб), «Єгипетські ночі» (Раб), «Шопеніана» (Юнак).
Був несподівано звільнений з трупи театру за те, що самовільно надів в «Жизелі» костюм, створений за ескізом А. Бенуа і повторював історичний німецький костюм XIV століття: сильно обтягнуте трико шокувало публіку і викликало сум'яття в царській ложі.
Виступ Ніжинського в першому Російському сезоні відразу ж принесло йому славу. У 1909-1913 р.р. Ніжинський був провідним солістом Російських сезонів. Він виконав головні ролі в Фокінского постановках «Карнавал», «Шехерезада», «Петрушка», «Нарцис», «Дафніс і Хлоя» та ін.
У 1912 р станцював головну роль в поставленому ним же самим балеті «Післеполудневий відпочинок фавна». У 1913 р поставив для трупи Дягілєва балети «Ігри» Дебюссі і «Весна священна» І. Стравінського. Постановки Ніжинського, ломавшие академічні канони, викликали суперечливі оцінки глядачів і критики, стали основою для розвитку балету середини XX ст.
У 1913 році, під час гастролей по Південній Америці, Ніжинський одружився на угорській балерині Ромоло де Пульскі. Це призвело до розриву відносин між танцюристом і Дягілєвим, в результаті чого Ніжинський був змушений покинути трупу.
У 1914 р Вацлав Ніжинський і організував власну трупу, що виступала в Лондоні без особливого успіху.
Під час Першої світової війни Ніжинський був інтернований в Угорщині як російський підданий.
Повернувшись в трупу Дягілєва в 1916 р, Ніжинський поставив для трупи балет «Тіль Уленшпігель», з яким Російські сезони гастролювали в Америці.
Починаючи з 1917 р Ніжинський перебував під наглядом лікарів. Психічне захворювання змусило Ніжинського залишити сцену. У 1919 р він написав «Щоденник Ніжинського», виданий в 1958 р в Парижі.
За свою десятирічну сценічну діяльність Ніжинський збагатив балетне мистецтво багатьма знахідками, ставши легендою за життя і залишивши після себе безсмертну славу.
З кінця 1940-х р.р. жив у Лондоні, де й помер 11 квітня 1950.